“注册报告”推出近两年：我们有哪些收获？|《自然-方法》社论

《自然-方法》（Nature Methods）很荣幸在本期发表我们的第一篇注册报告。在此，我们将回顾自推行这一论文形式以来的收获。

2022年2月，我们宣布1将正式推行全新的发表形式：注册报告。虽然这种论文格式在社会科学领域比较常见，但对生命科学领域来说还很陌生。受到《自然-人类行为》（Nature Human Behavior）同事的启发，我们发现，这一形式可以解决同行评审"分析"类论文时经常遇到的一些问题，这类分析论文主要针对工具或者方法开展比较分析。很高兴我们的第一篇注册报告能在本期发表面世，它介绍了Kiryl Piatkevich及其同事对近红外荧光蛋白的定量比较分析。(要了解作者使用这种格式的灵感和经验，请参阅他们在施普林格·自然实验室指南及方法（Springer Nature Protocols & Methods）社区“论文背后那些事儿（Behind the Paper）”版块上发表的文章）。

扫码阅读第一篇注册报告

Quantitative assessment of near-infrared fluorescent proteins

在《自然-方法》上发表的注册报告和传统的分析类文章没有显著差别，但这两种形式在同行评审上截然不同：分析类文章采用的是我们熟稔的典型评审流程，而注册报告的评审流程则提前到了实验设计阶段。首先，作者需提交一份方法比较研究的详细实验设计，供专家进行同行评审（当然，前提是该方案符合我们在创新性、潜在意义和全面性方面的编辑标准）。如果审稿人认为实验方案在科学上合理，编辑可在作者实际开展任何实验之前，对该“第一阶段” （Stage 1）稿件做出 "原则上接受"（AIP）的决定。接下来，作者需要在实验结束后重新提交完整的“第二阶段” （Stage 2）原稿，并在原稿中加入“结果”的部分。审稿人会对第二阶段的原稿进行最终的技术评估，但在此阶段，编辑不会因为抢发或对结果重要性的不同看法等原因而拒稿。

在第一次了解到注册报告这一形式时，我们就在想，分析类论文可以从这种独特的同行评审方式中受益。我们希望审稿人关注的焦点能从研究结果的重要性上转移到研究问题和实验设计的科学合理性上。我们认为，这种形式能提高这类文章的透明度，促进更多“阴性”结果的发表。我们还认为，在开始实验之前为作者提供编辑和专家审稿人的反馈意见，这将确保他们的研究取得成功，避免浪费时间和精力。过去两年里，我们已经送审了大约10篇注册报告稿件，我们更加确信注册报告对方法比较研究大有裨益。我们还坚信，生命科学领域应该更广泛地采用注册报告。

总的来说，我们从作者、审稿人和读者那里收到的反馈意见大多数是积极正面的，其中许多人对我们在科学出版领域尝试新事物的举措表示赞赏。然而，注册报告的发表道路上也并非一帆风顺。我们从作者和审稿人那里学到了很多东西，也收获了不少宝贵的反馈意见。

从作者的角度来看，我们理解注册报告的同行评审过程可能会让人感觉进展缓慢，因为我们的指南规定，作者在获得第一阶段AIP决定之前不得开始任何数据收集工作。即使在最好的情况下，第一阶段送审、稿件修改和复审的过程也可能需要几个月的时间，因此作者需要有足够的心理准备。但是，如果作者在此期间已经开展实验，一旦审稿人对方案提出质疑，要重新安排实验是很难的。

注册报告最初是为心理学研究设计的，发表此类研究的期刊都有非常严格的指南，规定作者必须严格遵守实验设计计划，否则有可能在第二阶段被拒稿。然而，我们意识到需要给作者留出一点灵活性，以便其因不清楚项目完成所需的实验条件而在之后修改实验计划。我们鼓励作者在第一阶段的原稿中提供试点数据，我们在编写指南时也允许对实验进行一些小的优化。不过，“原则上接收”的决定是有条件的，这里的前提是作者不会严重偏离其第一阶段的原稿。我们允许作者对结果进行进一步的探索性分析，但这类分析必须在第二阶段的原稿中明确说明。

同行评议注册报告需要一种不同于一般论文的思维方式——这也是我们的一些审稿人所苦苦思索的。我们知道，仅根据实验设计而非实验结果来评价一篇论文是相当有挑战性的。我们收到的一条反馈意见认为，审稿人可能会在实验设计阶段引入自己的偏见，例如坚持要求作者使用特定的方法。我们还发现，审稿人可能会要求作者开展超出研究合理范畴的实验。因此，编辑的一个关键职责是评估审稿人报告，并向作者清晰说明我们期望在修回稿中看到怎样的实验，这对于注册报告这类形式的成功至关重要。

我们还想说明一点，提交不成熟的第一阶段提案，希望由专家审稿人在很大程度上帮助确定研究内容，这绝不是实现注册报告论文发表的捷径。我们有严格的编辑标准，根据我们的经验，不成熟的提案即便送审也不会有成效，因此将在不被送审的情况下直接拒稿。

生命科学领域对注册报告的兴趣与日俱增。《自然》旗下多本期刊现已采用或正在考虑采用注册报告的论文形式。我们期待看到注册报告得到更广泛的采纳，并鼓励所有有意进行方法性能比较研究的《自然-方法》作者积极考虑使用这种格式。

参考文献：

1.Nat. Methods 19, 131 (2022).

2.Nat. Hum. Behav.1, 0034 (2017).