解决R package安装这件小事!
最近需要在新装备上安装一个托管在github上的R包,非常难缠,用到了几乎所有的安装方法!
借机整理下小编常用的一些R包安装避坑技巧,希望能对惧怕包安装的小伙伴有帮助!
本来想发一张图,
✅方法1:终端源码安装
从网站https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/下载特定包版本的源代码,例如ggplot2,
选择需求版本,
例如xxx.tar.gz,终端操作,
R CMD INSTALL xxx.tar.gz
✅方法2:从CRAN上装
#设置国内下载源
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))install.packages('xxx')
✅方法3:从github上装
借助devtools安装托管在github上的R包,
#设置国内下载源
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('xxx') #安装目的包
✅方法4:从conda装
conda有时候包治百病,
conda install r-xxx
有时候会出现冲突报错:Package tktable conflicts for:xxxx解决方法:指定channel,如conda install -c conda-forge r-devtools
channel怎么确定:通过不同channel多多search,例如,codna search conda-forge::r-devtools
✅方法5:从Bioconductor安装
Bioconductor主要托管生物类的包,类似biopython、bioperl,
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
install.packages("BiocManager") #先安装BiocManager
library("BiocManager")
BiocManager::install('xxx') #安装xxx包
✅方法6:从CRAN上源码装
通过以下网页找到目的包:https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_date.html,例如regmedint包,箭头处点击,
按系统选择代码压缩包,
install.packages("regmedint_1.0.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
🔸另外,对于需要登陆到R界面安装的方法,如方法2、3、5,建议修改国内下载源,解决网络导致的安装问题:options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
通过以上方法,能解决绝大部分R package安装问题。
欢迎后台留言其他好的安装方法,后续抽空写一篇更详细文章介绍每一种方法!
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