pythonic生物人

解决R package安装这件小事!

最近需要在新装备上安装一个托管在github上的R包,非常难缠,用到了几乎所有的安装方法!

借机整理下小编常用的一些R包安装避坑技巧,希望能对惧怕包安装的小伙伴有帮助!

本来想发一张图,

Image
​
结果,写了一篇文章,


✅方法1:终端源码安装

从网站https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/下载特定包版本的源代码,例如ggplot2,

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选择需求版本,

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例如xxx.tar.gz,终端操作,

R CMD INSTALL xxx.tar.gz  

✅方法2:从CRAN上装

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#设置国内下载源
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

install.packages('xxx')  


✅方法3:从github上装

借助devtools安装托管在github上的R包,

#设置国内下载源
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

install.packages('devtools') 
library(devtools)  
install_github('xxx')  #安装目的包


✅方法4:从conda装

conda有时候包治百病,

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conda install r-xxx  

有时候会出现冲突报错:Package tktable conflicts for:xxxx
解决方法:指定channel,如conda install -c conda-forge r-devtools

channel怎么确定:通过不同channel多多search,例如,codna search conda-forge::r-devtools


✅方法5:从Bioconductor安装

Bioconductor主要托管生物类的包,类似biopython、bioperl,Image

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
install.packages("BiocManager")  #先安装BiocManager
library("BiocManager")  
BiocManager::install('xxx')  #安装xxx包

✅方法6:从CRAN上源码装

通过以下网页找到目的包:https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_date.html,例如regmedint包,箭头处点击,Image

按系统选择代码压缩包,

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install.packages("regmedint_1.0.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

🔸另外,对于需要登陆到R界面安装的方法,如方法2、3、5,建议修改国内下载源,解决网络导致的安装问题:options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

通过以上方法,能解决绝大部分R package安装问题。

欢迎后台留言其他好的安装方法,后续抽空写一篇更详细文章介绍每一种方法!


-END-
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