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1月26日，基因组所戴俊彪团队和闫建斌团队联合在《自然-植物》（Nature Plants）上在线发表了题为“Near telomere-to-telomere genome of the model plant Physcomitrium patens”的研究论文。该研究首次构建了端粒到端粒无间断的小立碗藓参考基因组，证明了小立碗藓的染色体数目为26条，为基于苔藓模型的演化生物学，基因组学及其它基础研究提供了高质量参考基因组。小立碗藓（Physcomitrium patens）因其形态复杂度低、同源重组频率高、耐逆能力强等特点，在半个多世纪以来一直被用作模式植物，同时，它还为遗传分析和操作提供了成熟的工具和资源，使其成为具有潜力的合成生物学植物底盘。然而，基于sanger测序以及遗传连锁图（genetic linkage map）等方法组装的当前版本的小立碗藓参考基因组（V3）仍存在较多gap，已经无法满足植物基因组学日益增长的对于高连续性，高完整性小立碗藓基因组的需求。基因组所戴俊彪团队与闫建斌团队联合研究，借助Nanopore单分子测序数据，使用NextDenovo组装、Hi-C文库辅助，经GBGF方法（Graph-Based Gap Filling）不断校正后，填补了scaffolds上存在的所有gap，并最终得到了以(GGGCCA)n或(TTTAGGG)n为端粒重复序列的26条染色体（V6）。经过评估，该组装的单碱基正确率高达99.9989%。该研究还比较了V3和V6版本的同线性和结构变异，并对新版参考基因组进行了从头注释。注释结果表明，与V3版本相比，V6版本消除了许多转座子（TE）区存在的重复注释现象。研究人员已将V3版本注释与新版注释进行了整合，以使其它植物生物学研究者可以方便地将基于V3的研究移植到V6上。▲基于GBGF方法的小立碗藓基因组组装流程（图片来源：研究团队提供）该研究基于计算结果和免疫染色验证了V6版本的26条染色体结论，并进一步深入研究了基因组三维结构在发育过程及生命周期中的动态变化，为了解重要基因调控的分子机制提供了新的工具。该研究提供的参考基因组将极大有利于基于苔藓模型的演化生物学，基因组学及其它基础研究。▲小立碗藓T2T基因组, 3D基因组结构与更正后的核型进化模型（图片来源：研究团队提供）闫建斌课题组博士后毕桂萁，戴俊彪课题组博士研究生赵世俊，闫建斌课题组博士研究生姚嘉伟、博士研究生汪欢，为该论文的共同第一作者。基因组所戴俊彪研究员和闫建斌研究员为该论文的共同通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金委员会、中国科学院、中国农业科学院和深圳市等多个项目的资助。
[1] Bi, G., Zhao, S., Yao, J. et al. Near telomere-to-telomere genome of the model plant Physcomitrium patens. Nat. Plants (2024). https://doi.org/10.1038/s41477-023-01614-7本文来自药明康德内容微信团队，欢迎转发到朋友圈，谢绝转载到其他平台。如有开设白名单需求，请在“学术经纬”公众号主页回复“转载”获取转载须知。其他合作需求，请联系[email protected]。
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