随着儿童肿瘤患者预后的改善，越来越多的研究开始关注康复者群体的长期健康风险（包括过早死亡、器官功能衰退、继发肿瘤、不良社会经济结局等）。这些研究特别依赖于大型纵向队列的数据支持，如著名的圣裘德终生队列（St. Jude Lifetime Cohort, SJLIFE）和儿童癌症康复者研究（Childhood Cancer Survivor Study, CCSS）。 为了更好的利用这些宝贵数据，圣裘德儿童研究医院创建了首个实现共享、在线分析和可视化的儿童肿瘤康复者数据的网站平台（https://survivorship.stjude.cloud），目前已拥有超过7700名康复者、1600多个表型变量及4亿多个位点的基因变异数据。平台可以实时计算汇总数据、生成交互式图表，以及开展分组分析、探索累积发病率及回归分析。近日，圣裘德儿童研究医院研究团队在 Cancer Discovery 发表题为 St. Jude Survivorship Portal: sharing and analyzing large clinical and genomic datasets from pediatric cancer survivors的文章，介绍了如何使用儿童肿瘤康复者数据平台开展研究。
下图显示平台数据分别来源于SJLIFE和CCSS的5053名、2688名康复者，表型数据包括人口统计学数据、肿瘤诊断、治疗、临床检测、慢性健康状况以及长达数十年间的自报症状，基因数据则包括全基因组测序检测到的单核苷酸变异（SNP）、小片段序列插入或删除（InDel）和基于基因组数据构建的多基因风险分数等。利用队列、图表、分组和筛选条件的选项卡，用户可以探索、分析、创建可视化并导出数据，除了数据下载功能外其他功能对用户皆为免费开放。
通过选择数据字典（data dictionary）中的变量，网站可自动生成其汇总数据的图表，下图2B显示了队列中不同种族族裔肿瘤诊断类型的分布。通过基因组浏览器（genome browser）工具，用户可以探索已检测的基因位点并进一步探索基因变异与表型的关联，下图2C显示了ARID5B位点变异与儿童急性淋巴细胞白血病的关联分析。
下图展示了如何利用该平台分析铂类化疗药的耳毒性。首先，根据铂类药物暴露将SJLIFE队列人群分为四组（仅使用顺铂、仅使用卡铂、顺铂和卡铂联用、及未使用铂类药物）。分组变量与表型数据（如诊断类型）叠加即可显示不同表型中分组变量的分布，3B显示有7种肿瘤类型有>35%康复者接受了铂类治疗。进一步在这7种肿瘤中选择听力受损的表型，可以在3D种观察到，在听力受损程度越严重的康复者中，有铂类药物治疗史的比率更高，并且顺铂与耳毒性的关联更强。
该平台还可以开展回归分析，在图4中研究者发现有截肢史的康复者的SF36健康调查量表评分比无截肢史的康复者更高，进一步分析发现确诊时年龄影响截肢与SF36评分的分布。利用logistic回归，研究者验证了确诊时年龄对于截肢与SF36评分的效应修饰作用。
在下图中，文章作者举例介绍了如何使用平台探索不同族裔康复者心肌病变发生率的差异。心肌病累积发病率图显示非裔康复者发病率高于欧裔康复者，并且男性非裔远高于女性非裔和欧裔康复者。利用平台的基因、表型数据，研究者重复了最近发表的有关rs6689879与非裔康复者心肌病关联的研究，并且利用平台的基因组浏览器可以看到，在非裔康复者中，rs6689879与其他5个位点的变异相关，而且这5个变异与心肌病关联更强。
总之，儿童肿瘤康复者数据的网络平台搭建，为研究者形成新的研究假设、交叉验证既往的研究发现提供了便利，有助于加深我们对于治疗相关疾病分子机制的理解、促进儿童肿瘤康复者长期健康研究的进一步发展。撰文
责编
制作
排版 | 车洁 校对 | uu
*本文由深圳市拾玉儿童公益基金会“儿童肿瘤前沿”团队编译或约稿，文中图表均源引自文献原文。本文著作权归文章作者所有，欢迎个人转发分享，未经允许禁止转载，作者拥有所有法定权利，违者必究。如需转载，请留言或联系[email protected]。本文旨在分享儿童肿瘤科研前沿成果，不是治疗方案推荐。如需获得疾病治疗方案指导，请前往正规医院就诊。
▼滑动查看更多▼
Childhood cancer survivorship studies generate comprehensive datasets comprising demographic, diagnosis, treatment, outcome, and genomic data from survivors. To broadly share this data, we created the St. Jude Survivorship Portal (https://survivorship.stjude.cloud), the first data portal for sharing, analyzing, and visualizing pediatric cancer survivorship data. Over 1,600 phenotypic variables and 400 million genetic variants from over 7,700 childhood cancer survivors can be explored on this free, open-access portal. Summary statistics of variables are computed on-the-fly and visualized through interactive and customizable charts. Survivor cohorts can be customized and/or divided into groups for comparative analysis. Users can also seamlessly perform cumulative incidence and regression analyses on the stored survivorship data. Using the portal, we explored the ototoxic effects of platinum-based chemotherapy, uncovered a novel association between mental health, age, and limb amputation, and discovered a novel haplotype in MAGI3 strongly associated with cardiomyopathy specifically in survivors of African ancestry.
DOI: 10.1158/2159-8290.CD-23-1441
专业点燃希望约 4 分钟