随着测序技术的发展，科学家可以对众多不同类型的细胞进行转录组、蛋白质组层面的分析，其中也包括癌细胞。当下，各种针对癌症的靶向疗法研究正不断获得新的突破，这类疗法要比放疗、化疗更加精准，治疗的毒副作用也更少。包括抗体偶联药物、单克隆抗体、癌症疫苗、免疫检查点抑制剂在内的靶向疗法，它们基本针对的靶点大多是蛋白质，因此获取更广泛的基因与蛋白质的信息就显得格外重要。目前，临床蛋白质组肿瘤分析联盟（CPTAC）就已经对超过1000多个未经治疗的原位肿瘤样本进行了基因组与蛋白质组表征分析，该分析囊括了10种癌症细胞类型，也因此提供了大量的泛-癌症蛋白质基因组信息。在近期发表于《细胞》的研究中，贝勒医学院章冰团队、复旦大学高强团队及中国科学院分子细胞科学卓越创新中心高大明团队共同合作，对CPTAC的数据与现有的其他公共数据库进行了整合分析，研究为肿瘤治疗靶点提供了革命性的信息全景图，同时也给癌症诊断，药物再利用以及新药物研发带来了全新见解。新研究分析的主要数据来自CPTAC中1000多个肿瘤样本以及524个正常组织，包括结肠腺癌、肺鳞状细胞癌、胰腺导管腺癌、肺腺癌等10种类型。研究通过分析基因突变、基因拷贝数变异、甲基化以及转录本、蛋白质磷酸化位点丰度，对潜在的成药靶点进行了筛选和评估，用以预测哪些药物靶点会更有效，研究总共展示了2863个成药靶点信息。这些潜在治疗靶点信息已经总结并公布在了网站https://targets.linkedomics.org，可以随时进行检索、查阅。这些靶点被分成了5个层级，研究同时对各靶点进行了评分：1级：被任何管理机构批准用于任何癌症类型的药物所针对的靶点，这类靶点中超过30%为激酶。2级：被批准用于治疗癌症之外的药物所针对的靶点，这类靶点中以离子通道、G蛋白偶联受体居多。3级：处于调查、试验阶段药物所针对的靶点，其中大比例为表观遗传类药物。学术经纬为大家整理了不同级别中部分评分居前的靶点：在文章总结中，作者额外提到了KRAS蛋白。他们发现大多数预测的新抗原都是对单个患者特异性的，但有5个KRAS的突变肽被预测在44名患者中产生了新抗原，同时涉及到了4种癌症类型，这也说明它们有可能成为潜在的公共新抗原。这些信息无疑将会为肿瘤治疗靶点研究铺平道路，加速各类全新的癌症疗法研发进程，让更多癌症患者受益。[1] Pan-cancer proteogenomics expands the landscape of therapeutic targets. Cell (2024). DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.05.039本文来自药明康德内容微信团队，欢迎转发到朋友圈，谢绝转载到其他平台。如有开设白名单需求，请在“学术经纬”公众号主页回复“转载”获取转载须知。其他合作需求，请联系[email protected]。
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