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陈佳、杨力研究组合作通过切割ADAR抑制剂实现特异高效的RNA编辑

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研究背景 
      相对于DNA编辑技术,RNA编辑不会引起基因组永久性变化,其编辑是可逆且可调控的,因此拥有更强的安全性。但已有研究发现工程化ADAR的异位表达会引发大量转录组范围内的脱靶编辑。因此,开发一款普适性且低脱靶效应的RNA碱基编辑器对于RNA编辑的广泛应用具有重要意义。
结果与展望
      联合团队在研究中对ADAR2脱氨酶结构域(ADAR2DD)具有潜在抑制作用的蛋白结构域进行筛选,确定了多种ADAR蛋白抑制剂(ADI)。同时,引入了具有切割活性的分裂的TEV蛋白与工程化改造的向导RNA(eagRNA),开发了一种具有高特异性且高效率的RNA变形式腺嘌呤碱基编辑器(RNA transformer Adenine Base Editor,RtABE)。通过巧妙的设计,RtABE系统的所有元件能够在靶向位点处进行组合,进而切除ADI并获得脱氨活性。而在非靶向位点处,由于ADI与ADAR2DD的融合表达存在使得RtABE保持活性关闭状态。RtABE在全转录组范围内实现了脱靶效应的显著降低,同时保持了在靶向位点处的高编辑效率。
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图1:RtABE模式示意图

相对于使用工程化RNA招募内源ADAR的RNA编辑器,RtABE系统实现了在更大的编辑范围内的高效编辑(例如,UAN,AAN,CAN和GAN)。此外,研究人员将RtABE包装到单一的腺相关病毒(AAV)后递送至Hurler综合征(粘多糖病I型)模型小鼠中,经检测,RtABE系统在小鼠体内实现了长期、高效和精准的RNA碱基编辑。同时并未在RtABE处理过的小鼠的肝脏中检测到明显的脱靶编辑。总的来说,RtABE是一个精准的、高效的RNA碱基编辑系统,且具有广泛的编辑范围。
      结合研究者在疾病小鼠模型中的研究结果,RtABE为遗传性疾病以及其他严重疾病的潜在临床治疗提供了巨大的希望。这些发现极大地加强了通过AAV等载体递送精准RNA编辑器用于疾病治疗和探索性转化研究的前景。
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图2:(左)RtABE和MCP-ADAR2DD系统在小鼠肝脏中的编辑效率。(右)RtABE和MCP-ADAR2DD系统在小鼠肝脏中的脱靶数量。
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作者简介

上海科技大学陈佳研究组博士研究生李光业、陈果,中国科学院上海营养与健康研究所博士研究生袁国华,复旦大学附属儿科医院实验师韦佳为该论文共同第一作者。上海科技大学陈佳教授及复旦大学杨力教授为该论文共同通讯作者。上海科技大学陈佳研究组着力于新型基因编辑技术的开发与应用。

《自然-生物技术》Nature Biotechnology 

DOI: 10.1038/s41587-025-02591-2

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Specific and efficient RNA A-to-I editing through cleavage of an ADAR inhibitor
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