复现顶刊中这张图，换数据即可用！

pythonic生物人2025年08月17日约 2 分钟

本期介绍一种快速复现顶刊中基因组的共线性图（Synteny plots）的方法。

Synteny plots作用

Synteny plots是Nature、Cell中的常客：

例如，Synteny plots展示颌毛动物（gnathiferans）的染色体演化模式，通过比较基因组学手段揭示两类关键演化事件。为理解无脊椎动物中基因组不稳定性（如轮虫）和极端简化（如箭虫）的分子机制提供直观证据。ref，s41586-025-09403-2，Fig. 1 e。

例如，Synteny plots展示了五倍体狗蔷薇（R.canina）及其近缘二倍体物种（月季花 R.chinensis和玫瑰 R.rugosa）的染色体演化模式。ref，s41586-025-09171-z，Fig. 1 b。

例如，Synteny plots系统比较了五倍体狗蔷薇（R.canina）的各个亚基因组（S1_h1/S1_h2,S2,R3,R4）与近缘二倍体物种月季花（R.chinensis）和玫瑰（R.rugosa）的染色体对应关系，揭示了狗蔷薇基因组在多倍化过程中的结构变异和演化动态。ref，s41586-025-09171-z，Fig. 1 e。

例如，36个基因组同源基因的Synteny plots。ref，S0092-8674(25)00736-6，Figure S2。

R制作Synteny plots

R GENESPACE可以快速制作Synteny plots，需要安装GENESPACE以及依赖OrthoFinder, MCScanX和R，

if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
    install.packages("devtools")
devtools::install_github("jtlovell/GENESPACE")

准备peptide (protein) 的fasta文件，

cat /peptide/genome1.fa | head -4
>gene1
MGASGRGAGEQQSPSSTG
>gene2
MLVMSECKGRDRSPSSSM

准备多个基因组的bed格式注释文件，

cat /bed/genome1.bed | head -2
chr1  15002000  gene1
chr1  25002200  gene2

Default Synteny plots

ripDat <- plot_riparian(
  gsParam = out, 
  refGenome = "human", 
  forceRecalcBlocks = FALSE)

个性化--手动设置参考染色体顺序，

ripDat <- plot_riparian(
  gsParam = out, 
  refGenome = "human",
  customRefChrOrder = c("X", 1:22))

个性化labeling等的外观，

ggthemes <- ggplot2::theme(
  panel.background = ggplot2::element_rect(fill = "white"))
customPal <- colorRampPalette(
  c("darkorange", "skyblue", "darkblue", "purple", "darkred", "salmon"))
ripDat <- plot_riparian(
  gsParam = out, 
  palette = customPal,
  braidAlpha = .75,
  chrFill = "lightgrey",
  addThemes = ggthemes,
  refGenome = "human")