将chromosome上的变化标记出来，还在用PPT？

本期主角-染色体核型图。

下面使用R简单实现染色体核型图。

数据

使用“1.4.13 cnv数据集”，

每列详细介绍,

• chromosome: 表示染色体名称，例如 "chr1"、"chr2" 等，指定拷贝数变异（CNV）发生的染色体。
• start: CNV片段的起始位置（基因组坐标），表示该变异在染色体上的开始点。
• end: CNV片段的终止位置（基因组坐标），表示该变异在染色体上的结束点。
• type: CNV的类型，"dup" 表示复制（duplication，拷贝数增加），"del" 表示缺失（deletion，拷贝数减少）。

R实现

使用karyoploteR，几行代码就可以搞定。

## 核心代码

kp <- plotKaryotype(genome = "hg19", plot.type = 2, plot.params = plot.params)
# 绘制dup panel
kpPlotRegions(kp, data = dups, col = "red",
 border = "red", r0 = 0, r1 = 0.5, data.panel = 1)

# 绘制del panel
kpPlotRegions(kp, data = dels, col = "green",
 border = "green", r0 = 0, r1 = 0.5, data.panel = 2)

# 绘制刻度
kpAddBaseNumbers(kp)

# 图例
legend("right", legend = c("Duplication", "Deletion"), 
fill = c("red", "green"), bty = "n", cex = 0.8)

该图展示某个条件下，每条染色体核型图和以及每天染色体上的CNV变异情况：

• 每条染色体上方的红色bar表示拷贝数重复（Duplication），

• 每条染色体下方的绿色bar表示拷贝数缺失（Deletion），

• 每条染色体中间的红色bar表示着丝粒，

获取绘图代码+测试数据+数据处理方法+依赖包安装方法，

👇（备注：299）