审稿人：就是这样，必须给minor revisions！

一图胜千言，好的图表让审稿人如沐春风！

本期主题-Heatmap美化。

数据

使用“1.4.9 gene数据集”，

Heatmap美化

这是一张聚类热力图（Cluster heatmap），它利用聚类算法对图中的行和列进行重新排序，将相似的数据点或变量聚集在一起，在行列边界区域添加了聚类的谱系图。通过聚类热图，既可以观察数据矩阵的分布情况，也可以分析聚类结果。

但是，仅仅通过颜色深浅来判断数据关联，太不直观，尝试拯救这张图：

## 17.2_01
# 未经过允许禁止转载！
# @Author  :  公众号:pythonic生物人
# @Desc    :  17.2 个性化Cluster heatmap（数值、聚类树、文本）

library(pheatmap)

# 绘制热图
pheatmap(
  gene_data, # 数据矩阵
# 🔸标准化设置
  scale = "row", # 按行标准化（可选，突出基因间的相对差异）
# 🔸聚类设置
  cluster_rows = TRUE, # 对基因（行）进行聚类
  cluster_cols = TRUE, # 对样本（列）进行聚类
  clustering_distance_rows = "euclidean", # 行聚类距离：欧几里得距离
  clustering_distance_cols = "euclidean", # 列聚类距离：欧几里得距离
# 🔸轴文本设置
  main = "Gene Expression Heatmap", # 添加标题
  fontsize = 10, # 标题大小设置
  fontsize_row = 10, # 调整行名（基因名）字体大小
  fontsize_col = 10, # 调整列名（样本名）字体大小
# 🔸颜色设置
  color = colorRampPalette(brewer.pal(11, "Spectral"))(50),
  border_color = "grey60", # 设置单元格边框颜色
# 🔸图中文本设置
  display_numbers = TRUE,
  number_format = "%.2f"
)

主要在以下方面进行美化，使其符合顶刊美学：

• 🔸按行标准化，突出Gene间的相对差异；
• 🔸聚类树设置，聚类距离、行/列聚类、聚类算法、聚类树属性；
• 🔸轴文本设置，标题、行/列名属性；
• 🔸颜色设置，设置单元格边框颜色；
• 🔸图中文本设置。

挑选一款喜欢的配色，

获取绘图代码+测试数据+数据处理方法+依赖包安装方法，

👇（备注：299）