pythonic生物人

复现Nature子刊图,换数据可用!

本次使用R语言复现一下Nature Microbiology图!

原图
s41564-022-01105-z/figures/1 b原图
❤️复现效果图❤️
❤️复现效果图❤️

该图结合了半小提琴图、箱线图和抖动散点图的复合图表,用于直观展示和比较不同样本培养阳性天数下(2~5天),saliva样本的Ct值和nasal样本的CN值的分布情况。


✅读入测试数据,

Image

✅关键代码,

igure1B <- processed_data %>%
  ggplot(aes(x = Virus_pos_days, y = Ct, fill = Type, color = Type)) + 

# 半小提琴图层
  geom_flat_violin(
    adjust = 1.5, 
    )
  ) +
# 散点图层(抖动处理)
  geom_point(
    position = position_jitterdodge(
      jitter.width = 0.1, 
      dodge.width = 0.3
    )
  ) +
# 箱线图层
  geom_boxplot(
    position = position_dodge(0.3)
  ) 
Image

✅值得学习的R可视化组合图知识点:

  • 半小提琴图 (geom_flat_violin),展示Ct/CN值在每组中的概率密度分布,可以直观看出数据的分布形状(如单峰、双峰)和集中趋势。
    Image
  • 抖动散点图(geom_point),显示每个样本的具体数值,并通过抖动处理避免点重叠,反映数据的原始分布和个体差异。
    Image
  • 箱线图 (geom_boxplot),概括数据的关键统计量:中位数、四分位数范围(IQR),便于比较不同组间的集中趋势和离散度。
    Image

✅可以尝试不同的配色,

配色1
配色1
配色2
配色2
配色3
配色3

本期结束!


测试数据+详细代码,即将加入:
《👉保姆级R可视化教程》,28个章节,11w字,数百张图,旨在引导如何系统学习R语言可视化!

(加入学习,备注:299)

图片
🔥精彩推荐:
《保姆级R可视化教程》来了!
Python matplotlib保姆级教程
嫌Matplotlib繁琐?试试Seaborn!
复现Nature子刊上3张图,换数据即可用!
复现Nature“水”子刊上配图,换数据即可用!
喜提“Acceptance”,多亏这两张图,能顶60张图的工作量!
复现Nature正刊上3张图,换数据即可用!
复现IF50.0期刊上6张图,换数据即可用!
复现中科院IF 25.9期刊上3张图,换数据即可用!
复现Nature子刊中的2张图,换个数据即可用!
复现IF 48.5的期刊图,这个图帮你省下50%版面费!
喜提“Major Revision”,太多图,被质疑在堆工作量......
审稿人:凭这个3D Heatmap,必须给minor revision
复现Nature子刊上3张图,换数据即可用!
复现Nature“水”子刊上配图,换数据即可用!
喜提“Acceptance”,多亏这两张图,能顶60张图的工作量!
复现Nature正刊上3张图,换数据即可用!
复现IF50.0期刊上6张图,换数据即可用!
复现中科院IF 25.9期刊上3张图,换数据即可用!
复现Nature子刊中的2张图,换个数据即可用!
复现IF 48.5的期刊图,这个图帮你省下50%版面费!
喜提“Major Revision”,太多图,被质疑在堆工作量......
审稿人:凭这个3D Heatmap,必须给minor revision