靖康之变后，唯一不在开封城中的宋徽宗第九子赵构，因祸得福，在群龙无首的情况之下，于南京被拥立为帝，是为宋高宗。因为金军兵峰甚锐，身在扬州的宋高宗，“泥马渡康王”，衣冠南渡长江，逃到杭州，建立行在，也就是临安。也许是在逃亡过程中，惊吓过度或是舟车劳顿，导致宋高宗“遂病痿腐”，失去了生育能力。祸不单行，宋高宗唯一的儿子赵旉先天不足，体弱多病，三岁时就早夭。对于皇朝而言，继承人乃是国本，所以，当即有人上书：“乞暂择宗室之贤者一人，使视皇太子事。”此时的宋高宗尚对自己恢复生育能力抱有一丝希望，下令将上书言事者“日下押出国门”。不过，宋高宗虽然一时间不愿意接受现实，但自己的身体自己最清楚，时隔不久，宋高宗就从民间海选宗室后裔入宫做备选接班人培养。天水一朝，虽由太祖肇始，却被太宗窃据，故坊间多有不平之议，一直流传着“宋太祖之后当再有天下”的谶语。此番太宗一脉丢失半壁江山，朝野更彰显拥立太祖一脉之论，更有甚者，还流传着宋太祖转世金太宗复仇之说：“（完颜）吴乞买当金太祖朝尝使汴京，其貌绝类我太祖皇帝塐象，众皆称异。”所以朝中有人就海选宗室的范围更明确的上书：“欲望陛下于子行中遴选太祖诸孙有贤德者，秩视亲王，使牧九州，以待皇嗣之生，退处藩服。”宋高宗最终顺应了朝野舆论：“太祖以神武定天下，子孙不得享之，遭时多艰，零落可悯。朕若不法仁宗，为天下计，何以慰在天之灵！”于是，作为太祖血脉的赵伯琮就进入了宋廷的视野，在其八岁时，被选入宫中作为皇子培养。赵伯琮生父赵子偁乃太祖第六世孙，宣和元年，舍试合格，调嘉兴丞。是年，子伯琮生。关于赵伯琮的出生，民间还有诸多神道设教的叙事：孝宗本生母张夫人，一夕尝梦絳衣人自言崔府君，拥一羊，谓之曰：“以此为识。”已而有娠。及孝宗诞育之际，赤光照天，室中如昼。时秀王方为秀州嘉兴县丞，郡人皆以为丞廨遭火，久之，方知为张夫人免身。是岁丁未，其属为羊，又有前梦之应，故孝宗小字曰羊。（《云谷杂纪》卷三）
崔府君就是《西游记》中的“崔判官”，此君在唐宋时的民间拥有广泛的信仰，所以南宋朝前两代帝王的天命之说，皆与其相关。
稍长，幼年的赵伯琮在嘉兴亦有奇闻：
孝宗潜跃，在幼岁时，偶至秀州郡城外真如寺，登钟楼游戏。而僧徒先以蘧蒢覆空处，上悮履其上，遂并坠焉。旁观之人，失色无措，亟往视之，乃屹然立于席上，略无惊怖之状。此与夫国史所载太祖皇帝少年日人马俱堕，于汴都城楼者，若合一契焉。（《挥麈三录》卷一）
不过这则传说的发生地点，另有一说，并非是真如塔，而是东塔。据《嘉禾百咏·景龙楼》：千秋传异彩，百尺护雕阑。欲识金龙瑞，丹霄试仰看。附考“楼即东塔寺东庑钟楼也。”考虑到前一条史料的作者王明清并非嘉兴人，而后一条史料的作者张同尧是嘉兴人，所以后者更为可信。
其实关于赵伯琮在嘉兴的履历，最大的争议，在于出生地点。《宋史·宋孝本纪》中记载：“以建炎元年十月戊寅生帝于秀州青杉闸之官舍。”这一正史的史料，应是抄取王明清《挥麈录》中的记载：“秀州外医张浩自云：‘少隶军籍，尝为杉青闸官虞候。一日晚出郊，过嘉兴县，忽睹丞厅赤光照天，疑为回禄，亟入视之，云赵县丞之室适免身得雄，是诞育孝宗也。’”《宋史》为元廷编写，编撰仓促，在二十四史中质量分属下乘，从原文的意思来看，张浩是杉青闸的低级官员，相关内容是他经过嘉兴县丞赵子偁所在的官邸的见闻，而非嘉兴县丞的官邸在杉青闸。但因为《宋史》的正史地位，故此说流误甚广。事实上无论宋廷还是嘉兴的地方志中记载的出生地，都是今天中山路上的兴学里：“孝宗夙自秀邸，毓质少海，以承尧禅，祗若慈训，诞保此丕丕基，积一执中之传，有光往牒。维今嘉禾兴圣禅院，则上圣载育之地也。”（《兴圣寺记》）嘉兴守臣赵希道言，嘉兴系孝宗皇帝储祥毓圣之郡故也。应当效仿太祖、太宗所诞之地建寺的先例，请求将县丞厅改建为佛寺，并赐予“兴圣”之名，寓意“兴盛圣迹”，朝廷准奏，礼部拟定名为“兴圣禅院”，乃请理宗皇帝亲自书写“流虹圣地，兴圣之寺”八个大字。作为孙子的宋理宗，理当比元廷更清楚自己的爷爷的出生地。又：
“兴圣禅院：在郡治东北二百步。考证：旧嘉兴县丞厅。”（《至元嘉禾志》）
这里所指的“郡治”是指今天的子城，“东北二百步”对应的距离明显不是杉青闸。
后赵伯琮获宋高宗青睐，被选定为太子继承皇位，是为宋孝宗。《宋史》对其评价颇高：
“聪明英毅，卓然为南渡诸帝之称首......然自古人君起自外藩，入继大统，而能尽宫庭之孝，未有若帝。其间父子怡愉，同享高寿，亦无有及之者。终丧三年，又能却群臣之请而力行之。宋之庙号，若仁宗之为仁，孝宗之为孝，其无愧焉，其无愧焉！”
也因为嘉兴是宋孝宗的出生地，所以提高了行政地位。“以是邦为孝宗毓圣之地，升嘉兴府。”（《至元嘉禾志》卷一）“
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