pythonic生物人

审稿人:凭这个创意图,必须给minor revisions

一图胜千言,好的图表让审稿人如沐春风!

本期主角-3D Heatmap。

下面使用R简单实现3D Heatmap。


数据

使用“1.4.9 gene数据集”,

Image

然后,用cor方法简单计算一下相关性。


R实现

ComplexHeatmap的frequencyHeatmap方法一行代码实现3D Heatmap。

## 19.1_01
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# @Author  :  公众号:pythonic生物人
# @Desc    :  19.1 3D heatmap图¶

library("ComplexHeatmap")
frequencyHeatmap(corr_matrix, use_3d = TRUE, col = brewer.pal(9, "Greens"), column_title = "3D Heatmap")
Image

这个3D Heatmap通过表面高度和颜色展示了10个样本之间的相关性:

  • 高度:z 轴高度表示相关性强弱(越高越强,例如 1.0;越低越弱,例如 0.3)。
  • 颜色:从浅绿(低相关性,如 0.3)到深绿(高相关性,如 1.0)。

当然,我们可以换成自己钟爱❤️的配色,

Image

获取绘图代码+测试数据+数据处理方法+依赖包安装方法,

👇(备注:299)

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