pythonic生物人

复现NB期刊图,换数据即可用!

本次使用R语言复现一下nature biotechnology上的c图!

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这张图是把两种实验条件下(左边是PE7条件,右边是PE6c条件),各个病毒突变体的表现做成上下堆叠的山脊线,用来直观比较谁的效果更好:

  • 每一条起伏的线代表一个突变体在多次重复实验中的得分分布,线越靠右说明效果越强。中间那根竖线是基准线,过了这条线才算有效。
  • 颜色从浅变深,对应得分由低到高。这样并排一放,哪个突变体在哪种条件下更突出,基本上一眼就能看出来。

R语言复现

ggplot(data %>% dplyr::filter(Condition == cond),
         aes(x = Zscore, y = variant, fill = variant)) +
    geom_density_ridges( # 画山峦图
      scale = 2.0,
      alpha = 0.92,
      color = NA,
      bandwidth = 0.16,
      rel_min_height = 0.003
    ) +
#垂直辅助线
    geom_vline(xintercept = 0, colour = "grey60", linewidth = 0.4) +
    scale_x_continuous(
      limits = c(-2, 2.5),
      breaks = seq(-2, 2, 1),
      expand = c(0, 0)
    )
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值得学习的地方:

  • geom_density_ridges制作山峦图
  • geom_vline制作垂直辅助线
  • patchwork拼接左右PE7条件和PE6c条件的图

测试数据+详细代码将加入👉:《保姆级R可视化教程》,49个章节,20w字+,数百张图,旨在引导如何系统学习R语言可视化,部分展示如下:
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复现效果图-abcd图❤️
复现效果图-b图❤️
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❤️复现效果图-ABCD图❤️
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❤️复现效果图-bcd图❤️
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❤️复现效果图-b图❤️
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(加入学习,收费,备注:299)

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