pythonic生物人

这种概念Heatmap,一行代码就可以啦!

本期主角-局部Heatmap。

下面使用R简单实现局部Heatmap。


数据

Image


下面举个例子介绍,

R实现

## 21.1_01
# 未经过允许禁止转载!
# @Author  :  公众号:pythonic生物人
# @Desc    :  21.1 人体解剖图

# 男性解剖图
hgMale <- gganatogram(data = hgMale_data, fillOutline = "#440154FF", organism = "human", sex = "male", fill = "value") + # 使用hgMale_data绘制男性解剖图,填充基于value
  theme_void() + # 移除背景和轴线
  scale_fill_gradient2(low = "#440154", mid = "#21908C", high = "#FDE725", midpoint = median(hgMale_key$value)) + # 设置颜色梯度:深紫-青-黄
  ggtitle("Human Male") # 添加标题“Human Male”

# 女性解剖图
hgFemale <- gganatogram(data = hgFemale_data, fillOutline = "#440154FF", organism = "human", sex = "female", fill = "value") + # 使用hgFemale_data绘制女性解剖图,填充基于value
  theme_void() + # 移除背景和轴线
  scale_fill_gradient2(low = "#D73027", mid = "#FFFFBF", high = "#4575B4", midpoint = median(hgFemale_key$value)) + # 设置颜色梯度:红-黄-蓝
  ggtitle("Human Female") # 添加标题“Human Female”

grid.arrange(hgMale, hgFemale, ncol = 2)
Image
上图反映了某个时候男女各个组织的fMRI信号强度或者炎症程度等指标的差异,通过颜色深浅表示指标的大小。

也可以只展示某个部位,例如,

Image

也可以展示其它物种,

例如,小鼠,

Image

例如,细胞,Image

以及其它物种,

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