pythonic生物人

复现Naute子刊图,换数据即可使用!

本次使用R语言复现类似顶刊中的以下质粒图谱图!

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上图为DNA质粒图谱图,展示质粒中的CDS、promoter、primer_bind等组件的位置和方向等。


测试数据

✅读入测试数据

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除了使用data.frame格式,也可以使用 Genbank的.gb格式文件。


一行代码质粒图谱图

plasmapr_data|> 
  plot_plasmid(name = "pETM-20")
Image
  • 通过颜色突出显示某些type组件,
plasmapr_data |> 
  plot_plasmid(name = "pETM-20") +
  scale_fill_manual( #个性化颜色
    values = c(
"CDS" = "#1F77B4",         
"promoter" = "#FF7F0E",     
"origin" = "#2CA02C",        
"misc_feature" = "#D3D3D3"
    ),
    na.value = "white"
  ) 
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仅展示某些type组件

只显示CDS,

plasmapr_data[plasmapr_data$type == "CDS", ] |> 
  plot_plasmid(name = "pETM-20")
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本次结束!

获取绘图代码+测试数据+数据处理方法+依赖包安装方法,

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