复现Naute子刊图,换数据即可使用!
本次使用R语言复现类似顶刊中的以下质粒图谱图!
上图为DNA质粒图谱图,展示质粒中的CDS、promoter、primer_bind等组件的位置和方向等。
测试数据
✅读入测试数据
除了使用data.frame格式,也可以使用 Genbank的.gb格式文件。
一行代码质粒图谱图
plasmapr_data|>
plot_plasmid(name = "pETM-20")
通过颜色突出显示某些type组件,
plasmapr_data |>
plot_plasmid(name = "pETM-20") +
scale_fill_manual( #个性化颜色
values = c(
"CDS" = "#1F77B4",
"promoter" = "#FF7F0E",
"origin" = "#2CA02C",
"misc_feature" = "#D3D3D3"
),
na.value = "white"
)
仅展示某些type组件
只显示CDS,
plasmapr_data[plasmapr_data$type == "CDS", ] |>
plot_plasmid(name = "pETM-20")
本次结束!
获取绘图代码+测试数据+数据处理方法+依赖包安装方法,
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