pythonic生物人

R、Perl挑战Python的领先地位?

TIOBE榜单月更,反映编程语言关注度变化(近期哪些语言被讨论情况、被搜索情况等),程序猿爱看TIOBE榜单,常用于观察技术趋势转向!

2026年2月份的榜单比较有意思,两款小众语言R和Perl杀回来了

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Python目前仍是全球最热门的编程语言,市场份额领先第二名超过10个百分点。不过,它的统治力已出现松动——在2025年7月达到26.98%的峰值后,本月份额已回落至21.81%。

TIOBE CEO Paul Jansen 对变化解释道:

“这一变化背后,是R、Perl等更垂直的语言(more specialized languages)开始抢占市场。R在数据科学领域长期与Python正面竞争,虽然前几年被反超,但最近几个月已重回TIOBE榜单前十,显示出复苏势头。

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而曾统治脚本语言的Perl,在经历多年沉寂后也重新崛起。自2018年1月以来,它首次重返TIOBE前十,展现出“老将归来”的姿态。”

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小编简单回忆一下R、Perl在生物信息bioinfomatics领域的变化:

小编刚干生信时,Perl还是主要的编程语言,他擅长文本处理、非常简洁(简洁到不写注释,一周后就忘记是什么意思),

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正则表达式强大,

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $string="Keeping having a Child heart!";
if($string =~ m/ch/gi){
        print "$`\n";
        print "$&\n";
        print "$'\n";
}

类似shell中awk/sed的一行式操作非常好用。


#匹配到一个空白(\S)就不输出(-n)

perl -ne'print unless/^$/' file.log

#unless/^$/,匹配到空白就不输出(-n)

perl -lne 'print if length' file.log

后来,一代生信人走上管理岗,不写代码了,以及Perl社区的不活跃,遇到问题很难快速找到blog之类的,新一代生信人走上舞台直接使用Python改写了老一辈的屎山代码,至此,Perl几乎在bioinfomatics领域绝迹。

但是,做为生信人,很多老牌工具还是perl的,比如ANNOVAR、VEP等,debug还是要会的。

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对于R,在生信领域它依旧很出彩,得益于R的强大统计能力、可视化能力,很多现成的生信轮子都是R工具制作,从事生信,短期之内R还是必须会的!

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(加入学习,备注:299)

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