pythonic生物人

又一个出手就是publication-quality plot 级水准帮手!

分享一个强大的可视化工具gbdraw,可以轻松实现publication-quality plots,并导出SVG, PNG, PDF, EPS, PS等格式。gbdraw

支持命令行使用,支持在线使用。


命令行使用一下gbdraw

  • Multi-Genome Comparison
Image
  • Ca.Sukunaarchaeum mirabile M16-5
gbdraw circular \
--gbk M16-5.gb \
--separate_strands \
-f svg \
-o M16-5_fugaku \
--block_stroke_width 1 \
--axis_stroke_width 1 \
-p fugaku \
--track_type middle \
--species "<i>Ca.</i> Sukunaarchaeum mirabile" \
--definition_font_size 22 \
--legend upper_right
Image
Image
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  • Mycobacterium tuberculosis H37Rv
gbdraw circular \
--gbk NC_000962.gb \
-f svg \
--separate_strands \
--species "<i>Mycobacterium tuberculosis</i>" \
--strain "H37Rv" \
--legend none \
--palette psyche \
-o NC_000962_psyche
Image
  • Lambda phage
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Image

等等。。。。。。

gbdraw


gbdraw命令行安装很简单

mamba或conda安装一下即可,

mamba create -n gbdraw -c conda-forge -c bioconda gbdraw
conda activate gbdraw
gbdraw -h
gbdraw gui

除了命令行使用,也支持在线托拉拽使用。

gbdraw在线使用

Image

。。。。。。

交流学习(备注:299)

图片

一些有用的:

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