AI复现Nature子刊i+j图（中）

使用R语言复现一下Nature aging中以下子图i、j。

复现效果图

✅子图i和子图j分别展示了雄性和雌性小鼠中，一系列衰老标志基因和疾病相关基因在不同脑区（HIP和FFCC）的表达倍数变化（Relative Expression, RE）。

• X轴，每个基因的名称，例如，Apoe、Trem2、Lgals3等基因。
• Y轴，相对于年轻同性的表达比值（RE）。值越高，说明老年组中该基因表达上调越明显。
• 分组，每种基因下有两组柱/点，分别代表HIP和FFCC。
• 星号，标记了在老年组中显著高于年轻组（q < 0.05）的基因。

✅复现代码学习

• 导入R package

library(patchwork)
library(ggplot2)
library(readxl)

• geom_jitter添加抖动散点，蓝色箭头所指，

# 散点：每个old样本一个点
    geom_jitter(position = jitter_d, size = 1.7, stroke = 0.35, fill = NA) 

• geom_linerange添加误差线

 geom_linerange(data = s,
                   aes(x = gene, ymin = pmax(0, mean_y - sem_y),
                       ymax = mean_y + sem_y, group = region),
                   inherit.aes = FALSE, position = dodge,
                   colour = "#111111", linewidth = 0.15)

• geom_crossbar添加均值横线

# 均值横线
    geom_crossbar(data = s,
                  aes(x = gene, y = mean_y, ymin = mean_y,
                      ymax = mean_y, group = region),
                  inherit.aes = FALSE, position = dodge,
                  width = 0.55, linewidth = 0.15, colour = "#111111",
                  middle.linewidth = 0.15) 

• 添加显著性星号

# 显著性星号
    geom_text(data = q, aes(x = gene, y = y_pos, label = "*", colour = region),
              inherit.aes = FALSE, size = 4.6, vjust = 0.5, show.legend = FALSE)

• 文字斜体、上标细节设置

# x轴标签走plotmath实现斜体
    scale_x_discrete(
      drop = FALSE,
      labels = function(x) parse(text = unname(gene_labels[x]))) +
    scale_y_continuous(breaks = seq(0, y_max, 5),
                       expand = expansion(mult = c(0, 0.03)))

• theme主题细节设置

theme_classic(base_family = "sans") +
    theme(
      plot.title = element_text(face = "bold", size = 13, hjust = 0,
                                margin = margin(b = 2)),
      axis.title.y = element_text(size = 9),
      axis.text.y  = element_text(size = 8, colour = "#222222"),
      axis.text.x  = element_text(size = 7.5, colour = "#222222",
                                  angle = 90, vjust = 0.5, hjust = 1,
                                  margin = margin(t = 2, b = 2)),
      axis.line  = element_line(colour = "#222222", linewidth = 0.35),
      axis.ticks = element_line(colour = "#222222", linewidth = 0.3),
      legend.position  = c(0.07, 0.93),
      legend.background = element_blank(),
      legend.key = element_blank(),
      legend.text = element_text(size = 8),
      legend.spacing.y = unit(0, "pt"),
      plot.margin = margin(5, 5, 0, 5)
    )

AI复现子图abcdefgh代码👉：AI搞定Nature子刊主图「a~h 8张图」